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臭氧烘干消毒柜一般采用高溫消毒、紫外線消毒、臭氧消毒等幾種消毒方式。其中，紫外線消毒和臭氧消毒為低溫消毒，消毒柜進行消毒時的溫度一般為60攝氏度。紫外線是電磁波譜中波長從10nm到400nm輻射的總稱，其中有消毒作用的波段為100nm到200nm，其中波長為253.7nm的紫外線消毒效果，可以殺滅各種微生物，不過紫外線的穿透能力弱，無法對沒有照射到的區域進行消毒。
因此，一般的臭氧烘干消毒柜采用的是紫外線和臭氧結合的消毒方式。除了利用紫外線消毒功能之外，還可以利用紫外線產生臭氧。臭氧是一種有特殊臭味的淡藍色氣體，在臭氧的強氧化作用下，使微生物細胞中的多種成分產生反應，從而產生不可逆的變化而死亡。一般認為，臭氧滅殺病毒是通過直接破壞起核糖核酸或脫氧核糖核酸完成的。臭氧會對人體產生危害，不過穩定性不高，在常溫常壓下非常容易分解為氧氣。
高溫殺毒是指利用遠紅外線加熱器加熱空氣或產生輻射熱，使臭氧烘干消毒柜內的空氣溫度大于100攝氏度，并通過持續性的加熱，使餐具表面的微生物的蛋白質組織變性，從而殺滅細菌病毒。加熱一般持續15分鐘以上。基于消毒柜的消毒原理，在使用消毒柜的過程會產生一部分禁忌。
消毒柜的工作過程中不能打開消毒柜。不管臭氧烘干消毒柜采用的是哪一種消毒方式，在消毒柜進行作業的時候隨意開關消毒柜，都會對人體產生危害，比如高溫消毒會燙傷用戶的皮膚。而采用臭氧消毒的消毒柜，在設計的時候，一般會加強消毒柜的封閉性。運作時消毒柜的臭氧濃度逐漸升高。人體如果吸入臭氧會造成神經中毒、頭暈頭痛、視力下降、記憶力衰退等，長期接觸臭氧，會對人體內的維生素E起到破壞作用，使皮膚表面變皺，甚至會破壞人體免疫機能，誘發淋巴細胞瘤。因此，除了臭氧烘干消毒柜工作過程中不能打開消毒柜之外，在消毒柜完成消毒工作后，應該靜置一段時間，等待臭氧*分解成氧氣再打開消毒柜。
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